основной файл, который подаётся на вход automake, это
${WORKDIR}/main/Makefile.am
файл, который надо пропатчить это
${WORKDIR}/main/src/core/MonoDevelop.Ide/Makefile.am
Оба этих файла лежат в рабочей директории ${WORKDIR}, а рабочая директория не сохраняется (по крайней мере так происходит в portage при выключенной FEATURE="keepwork")
Поэтому скопируем main/src/core/MonoDevelop.Ide/Makefile.am в директорию скриптов роллинга (переименовав в Makefile.am.orig). Новую версию положим рядом и назовём Makefile.am.new
Дифф будем делать командой
diff -u Makefile.am.orig Makefile.am.new >files/main-src-core-Monodevelop.Ide-Makefile.am.patch
Накатывать патч будем командой
patch ${WORKDIR}/main/src/core/MonoDevelop.Ide/Makefile.am ${FILESDIR}/main-src-core-Monodevelop.Ide-Makefile.am.patch
такой вариант запуска утилиты patch задокументирован в man patch:
http://linux.die.net/man/1/patch
вызов configure сам потом сгенерирует makefile.in и Makefile, так что к моменту вызова make dist
в Makefile уже будет находится код из патча.